生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害，生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。精制有机肥料是一种商业有机肥料，在牲畜粪便经过干燥和粉碎后包装并出售。生物有机肥料分解，不烧根，不烂苗；精制的有机肥料不分解，使用后直接在土壤中分解，可能引起燃烧现象，生物有机肥通过高温分解，杀死大部分病原体和卵，减少了病虫害的发生；精制有机肥料不会分解，当在土壤中分解时会引起地下害虫。
有机肥料有解d效果。例如:增施鸡粪或羊粪等有机肥料后，土壤中有毒物质对作物的毒害可大大减轻或消失。有机肥料的解d原因在于有机肥料能进步土壤阳离子代换量，添加对镉的吸附。一同，有机质分化的中间产物与镉发生螯协效果构成安稳性络合物而解d，有毒的可溶性络合物可随水下渗或排出农田，进步了土壤自净才干。有机肥料一般还能削减铅的供应，添加砷的固定。
有机肥料是微生物取得能量和营养的首要来历，施用有机肥料，有利于土壤微生物活动，促进作物成长发育。微生物在活动中或逝世后所排出的物质，不只是氮、磷、钾等无机营养，还能发生谷酰氨酸、脯氨酸等多种氨基酸，多种维生素，还有细胞分裂素、植物成长素、赤霉素等植物激素。少数的维生素与植物激素，就可给作物的成长发育带来巨大影响。
